换到阿里云之后，等备案的间隙，想着干脆把ssl证书也一并添加了吧，折腾了几次，终于搞定了。
在阿里云安装的操作系统是Ubuntu 14.04 32bit 版本，搭建的环境是LNMP，按着这篇文章操作之后，
免费SSL安全证书Let’s Encrypt安装使用教程(附Nginx/Apache配置)
https://www.cloudxns.net/Support/detail/id/906.html
怎么都失败，换了几次操作系统都不行，最后才弄清楚原因，阿里云的dns有问题，无法完成letsencrypt的认证。
解决办法，换dns，我是换成了cloudxns，dnspod也可以的。
推荐使用api直接安装letsencrypt的证书
附：安装方法
脚本基于 letsencrypt.sh，通过调用 cloudxns API 更新 TXT 记录用于认证，实现快速获取 lets-encrypt 证书。无需 root 权限，无需指定网站目录及 DNS 解析
下载
wget https://github.com/xdtianyu/scripts/raw/master/le-dns/le-cloudxns.sh
wget https://github.com/xdtianyu/scripts/raw/master/le-dns/cloudxns.conf
chmod +x le-cloudxns.sh
配置
cloudxns.conf 文件内容
API_KEY=”YOUR_API_KEY”
SECRET_KEY=”YOUR_SECRET_KEY”
DOMAIN=”example.com”
CERT_DOMAINS=”example.com www.example.com im.example.com”
修改其中的 API_KEY 及 SECRET_KEY 为您的 cloudxns api key ，修改 DOMAIN 为你的根域名，
修改 CERT_DOMAINS 为您要签的域名列表
运行
./le-cloudxns.sh cloudxns.conf
最后生成的文件在当前目录的 certs 目录下
cron 定时任务
每两个月自动更新一次证书，可以在 le-cloudxns.sh 脚本最后加入 service nginx reload 等重新加载服务。
0 0 0 1 */2 * /root/le-cloudxns.sh /root/le-cloudxns.conf >> /var/log/le-cloudxns.log 2>&1
以上内容摘自 https://www.cloudxns.net/Support/detail/id/1331.html